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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  44 lines
  1. **********************************************
  2. * Nucleoside diphosphate kinases active site *
  3. **********************************************
  4.  
  5. Nucleoside diphosphate kinases (EC 2.7.4.6) (NDK) [1] are enzymes required for
  6. the synthesis of nucleoside triphosphates (NTP)  other than ATP.  They provide
  7. NTPs for   nucleic   acid   synthesis,   CTP  for  lipid  synthesis,  UTP  for
  8. polysaccharide synthesis  and  GTP for protein elongation, signal transduction
  9. and microtubule polymerization.
  10.  
  11. In eukaryotes, there seems to be a small family  of NDK isozymes each of which
  12. acts in  a  different subcellular compartment and/or has a distinct biological
  13. function. Eukaryotic NDK isozymes are hexamers of two highly related chains (A
  14. and B)  [2].    By  random association (A6, A5B...AB5, B6), these two kinds of
  15. chain form isoenzymes differing in their isoelectric point.
  16.  
  17. NDK are  proteins  of  17  Kd  that  act  via a ping-pong mechanism in which a
  18. histidine residue  is  phosphorylated, by transfer  of  the terminal phosphate
  19. group from  ATP.  In the presence of magnesium, the phosphoenzyme can transfer
  20. its phosphate group to any NDP, to produce an NTP.
  21.  
  22. NDK isozymes have been  sequenced from prokaryotic and eukaryotic sources.  It
  23. has also been shown [3] that the Drosophila awd (abnormal wing discs) protein,
  24. is a  microtubule-associated NDK.  Mammalian NDK  is also  known as metastasis
  25. inhibition factor nm23.
  26.  
  27. The sequence of NDK has been highly  conserved through evolution.  There  is a
  28. single histidine  residue  conserved  in  all  known  NDK  isozymes,  which is
  29. involved in  the  catalytic mechanism [2]. Our signature pattern contains this
  30. residue.
  31.  
  32. -Consensus pattern: N-x(2)-H-G-S-D-[SA]-[LIVMPN]
  33.                     [H is the putative active site residue]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  37.  
  38. [ 1] Parks R., Agarwal R.
  39.      (In) The Enzymes (3rd edition) 8:307-334(1973).
  40. [ 2] Gilles A.-M., Presecan E., Vonica A., Lascu I.
  41.      J. Biol. Chem. 266:8784-8789(1991).
  42. [ 3] Biggs J., Hersperger E., Steeg P.S., Liotta L.A., Shearn A.
  43.      Cell 63:933-940(1990).
  44.